Sur les onze fractions existantes, voilà environ 18 mois, seules quelques-unes jouent encore un rôle important aujourd'hui:
Forces armées populaires (FAP) de Goukouni Oueddei, dont une partie a été intégrée dans l'Armée nationale intégrée (ANI). Les Libyens témoignent qu'il s'agit de « jeunes indisciplinés ».
Forces armées tchadiennes (FAT) de Kamoungué. Intégrées pour une part dans l'ANI.
- Conseil démocratique révolutionnaire (CDR) de Acyl Ahmat, implanté dans le Nord et le Sud-Est, particulièrement lié aux Libyens.
Ces trois fractions sont en principe unifiées dans le GUNT et l'ANI. En fait, chacun garde le contrôle de ses forces.
- Enfin, les Forces armées du Nord (FAN) de Hissène Habré, actives dans l'Est. Ex-ministre du GUNT, Hissène Habré, refusant parait-il l'influence libyenne, a voulu tenter sa chance seul en reprenant la lutte contre les autres fractions.